Die Orgel übernimmt in der kirchenmusikalischen Praxis ganz unterschiedliche Aufgaben, so beispielsweise zur Verkündigung oder auch als Hilfe zur Meditation. Die Pfarrgemeinden schätzen ihre Orgel und sind oft zu großem finanziellen Engagement bereit, um dafür zu sorgen, dass die Instrumente in gutem Zustand gehalten oder auch restauriert werden. Manchmal muss sogar an einen Orgelneubau gedacht werden.
Nach dem zweiten Weltkrieg gab es zunächst nur den Münchner Orgelbau. Seit den 80-er Jahren entstand durch den allgemeinen Wettbewerb und durch eine grandiose Qualitätssteigerung der Orgeln in klanglicher, künstlerischer und handwerklicher Hinsicht eine neue Orgellandschaft im Erzbistum.
Eine kleine Auswahl von besonderen Orgeln:
In München:
Dom Zu Unserer Lieben Frau in München
Orgelbau Georg Jann, Hauptorgel 4 Manuale und Pedal, 95 Register, Chororgel 36 Register
Pfarrkirche St. Franziskus in München
Orgelbau van den Heuvel, 3 Manuale und Pedal, 51 Register
Bürgersaalkirche München
Orgelbau Vleugels, 3 Manuale und Pedal, 50 Register
St. Peter in München
Orgelbau Klais, 4 Manuale und Pedal, 57 Register
Herz-Jesu-Kirche in München
Orgelbau Woehl, 3 Manuale und Pedal, 61 Register
Universitätskirche St. Ludwig in München
Orgelbau Beckerath, 4 Manuale und Pedal, 54 Register
Im Norden des Erzbistums:
Pfarrkirche St. Peter und Paul in Freising-Neustift
Orgelbau Johannes Klais, 1992; 33 Register auf 2 Manualen und Pedal
Ehemalige Klosterkirche in Fürstenfeld
Orgelbau Johann Fux, 1736; 27 Register auf 2 Manualen und Pedal
Pfarrkirche St. Georg in Freising
Orgelbau Willibald Siemann, 1938; 42 Register auf 3 Manualen und Pedal.
Pfarrkirche St. Johannes in Erding
Orgelbau Rieger, 1991; 50 Register auf 3 Manualen und Pedal.
Pfarrkirche St. Jodok in Landshut
Chororgel von Orgelbau Jürgen Ahrend, 1996; 15 Register auf 2 Manualen und Pedal.
Im Süden des Erzbistums:
Pfarrkirche St. Zeno in Bad Reichenhall
Orgelbau Franz Borgias Maerz 1899, II/P, 23 pneumatisch; restauriert 1994
Klosterkirche in Ettal
Orgelbau Johann Georg Horterich, 1753; 27 Register auf 2 Manualen und Pedal; Zimbelstern
Pfarrkirche Heilig Geist in Rosenheim
Orgelbau Anton Bayr, 1756; Positiv mit 5 Registern; restauriert
Klosterkirche in Schäftlarn
Orgelbau Vleugels, 1996, im historischen Gehäuse von Anton Bayr 1762, 31 Register auf 2 Manualen und Pedal; Glockenspiel, Pauke, Vogelschrei
Ehemalige Klosterkirche in Schlehdorf
Orgelbau Franz Thoma, 1783; restauriert und rekonstruiert; 18 Register auf 2 Manualen und Pedal
Klosterkirche in Seeon
Orgelbau Schinginitz, II/P, 21 vollmechanisch, „Mozartorgel“, süddeutsch-Rokoko
Nebenkirche St. Vitus und Anna in Ettendorf (Traunstein)
Hans Vogl-Orgel von 1669 (die älteste Orgel der Erzdiözese und eine der ältesten erhaltenen Orgeln Europas!) restauriert durch Orgelbau Linder, Nußdorf/Inn, 5 Register auf einem Manual, Kurze Oktave,