Der Aufgabenbereich der Kirchenverwaltung ist in Art. 11 der Kirchenstiftungsordnung festgelegt. So obliegen ihr die gewissenhafte und sparsame Verwaltung des Kirchenstiftungsvermögens und die Sorge für die Befriedigung der ortskirchlichen Bedürfnisse. Im einzelnen gehören dazu der Unterhalt der Kirchen, der Aufwand für die Gottesdienstfeier, die Baupflicht für die übrigen kirchlichen Gebäude, sämtliche Vermögensangelegenheiten und die Personalangelegenheiten der kirchlichen Mitarbeiter. Wichtige Aufgaben der Kirchenverwaltung sind weiter die Haushaltsplanaufstellung und die Rechnungslegung am Jahresende.
Der Stadtkirchenverwaltungsrat kümmert sich um den allgemeinen Haushalt (ohne Gebäudehaushalt) und Personalentscheidungen.
St. Nikolaus als die Trägerin bildet einen beschließenden Kirchenverwaltungsausschuss, den Stadtkirchenverwaltungsrat (Haushalts- und Personalausschuss), dem der Kirchenverwaltungsvorstand der Trägerin, Herr Pfarrer Roland Haimerl, als Vorstand angehört. In den Ausschuss entsenden die Pfarrkirchenverwaltungen aus ihrer Mitte einen Vertreter. Außerdem nehmen die stellvertretenden Kirchenverwaltungsvorstände der Pfarreien an den Stadtkirchenverwaltungsratsitzungen teil. Jede Pfarrei hat bei Beschlüssen und Abstimmungen eine Stimme.
Der Pfarrgemeinderat ist das Beratungs- und Leitungsgremium einer Pfarrei. Die Mitglieder des Pfarrgemeinderates beraten und unterstützen die Pfarrer und hauptamtlichen Seelsorgerinnen und Seelsorger maßgeblich bei der Seelsorge, etwa bei der außerschulischen Vorbereitung auf Erstkommunion und Firmung. Sie sind eigenständig in allen gesellschaftspolitischen Fragen, so in der Mitwirkung beim Aufbau und der Durchführung von Nachbarschaftshilfen, der Gestaltung von Angeboten der Erwachsenenbildung, im Engagement für die Entwicklungszusammenarbeit und die Bewahrung der Schöpfung.
Der Pfarrgemeinderat beruht auf dem Bild von Kirche als Volk Gottes, wie es das II. Vatikanische Konzil (1962 – 1965) herausgestellt hatte. Damit wird die enge Zusammengehörigkeit aller Getauften und Gefirmten, aber auch ihre gemeinsame Verantwortung in Kirche und Gesellschaft betont.
Die Strukturveränderungen und der Orientierungsrahmen im Prozess „Dem Glauben Zukunft geben“ verlangen eine noch intensivere Zusammenarbeit der Pfarrgemeinden in den Pfarrverbänden und Stadtkirchen.
Für die Mitwirkung der Laienvertretungen, also Pfarrgemeinderäte und Pfarrverbandsräte, heißt dies, dass auch hier der Kontakt unter den Pfarrgemeinderäten und speziell das Zusammenwirken im Pfarrverbandsrat bzw. in den Stadtkirchen, im Stadtkatholikenrat, enger werden muss.
Der Jugendrat der sechs Pfarreien kümmert sich um die Kommunikation zwischen der Jugend und der Pfarrgemeinde. Plant gemeinsame Projekte und Aktionen und ist Anlaufstelle für Probleme der Jugendlichen.